Водните ресурси на Новозагорска община не са големи. Върху тяхното количество влияят непостоянния режим на реките, ограничените валежи през летните месеци и голямата замърсеност на речните, езерните и язовирните води.

Основен воден ресурс е р.Тунджа, най-големия приток на река Марица, с водосборен басейн около 7880 кв.км. Голямо богатство представляват обилните грунтови води в алувиалните отложения на р.Тунджа и притоците й. Водите й се използват предимно за напояване, като за целта са изградени множество помпени станции и водохващания. Освен река Тунджа, на територията на Новозагорска община се намира и река Блатница. На река Тунджа е изграден язовир Жребчево, който е с обем над 400 млн. куб.м и също се използва предимно за напояване.

В района на Новозагорска община има и минерален извор около село Баня. Изградени са минерални бани за неговото използване. Същесвува потенциал за изграждане на солидна материално-техническа база за пълноценно използване на това безценно природно богатство.